Tytułowy Duke Nukem zostaje porwany przez obcą rasę podczas udzielania wywiadu na temat swojej książki autobiograficznej "Why I'm So Great" ("Dlaczego jestem taki świetny"). Kosmici chcą wyssać z mózgu bohatera informację, jak podbić Ziemię. Jednak ten nie zamierza poddać się tak łatwo i staje do walki, aby ponownie ocalić świat.
Na podstawie dość kiepskich platformówek, z czego jedynka wygląda jakby wychodziła jeszcze na C-64 a dwójka już na Amigę 500, powstała do dziś dnia jedna z najlepszych gier w ogóle stworzonych.
Wzrost jakości trójki względem dwóch pierwszych części jest gigantyczny. Jakościowo Duke Nukem 3D to jest jakby Obcy:...